Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui implementasi aplikasi E-Learning Madrasah di Madrasah Aliyah Negeri 4 Jakarta dan Madrasah Aliyah Swasta Nurussa?adah. Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif dengan jenis studi kasus dengan sumber data primer berupa hasil wawancara yang dilakukan kepada Kepala Madrasah/Wakil Bidang Kurikulum, Guru PAI, dan Peserta Didik yang sekaligus menjadi subjek pada penelitian ini, dan sumber data sekunder berupa dokumentasi dan jurnal yang berkaitan sebagai data penguat. Metode pengumpulan data pada penelitian ini menggunakan teknik triangulasi sumber yaitu; Kepala Madrasah, Guru PAI, dan Peserta Didik, dan triangulasi data yaitu; observasi, wawancara, dan dokumentasi. Berdasarkan hasil dari wawancara dan dokumentasi yang ditemukan pada Madrasah Aliyah Negeri 4 Jakarta dan Madrasah Aliyah Swasta Nurussa?adah, yaitu seluruh Guru PAI menggunakan aplikasi E-Learning Madrasah akan tetapi karena terdapat kendala maka aplikasi E-Learning Madrasah tidak digunakan secara penuh. Kendala yang dialami oleh Guru PAI di MAN 4 Jakarta yaitu sulitnya akses pada aplikasi E-Learning Madrasah yang diakibatkan oleh host server yang kurang memadai yang menyebabkan sulitnya akses pada aplikasi E-Learning Madrasah, sehingga Guru PAI di MAN 4 Jakrata sebagian besar menggunakan aplikasi tambahan yaitu Google Suite for Education, sedangkan kendala yang dialami oleh Guru PAI di MAS Nurussa?adah yaitu minimnya fasilitas yang dimiliki oleh peserta didik, rendahnya semagat belajar peserta didik, dan sebagian besar Guru PAI belum terlalu menguasai TI, sehingga sebagian besar Guru PAI di MAS Nurussa?adah cenderung menggunakan aplikasi Telekomunikasi.