Penulis melakukan penelitian dalam ruang lingkup implementasi pembinaan perilaku santri yang menanamkan Pendidikan Agama Islam. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan : 1) Bagaimana implementasi pembinaan perilaku santri. 2) Faktor penghambat dan pendukung dalam proses pembinaan. Lokasi penelitian di Jakarta Timur, dengan sasaran Rumah Qur?an Al Muttaqien, sesuai dengan karakteristik masalah yang diangkat dalam skripsi ini maka dalam penulisannya, penulis menggunakan Metode Riset Kualitatif, yaitu menekankan analisanya pada data deskriptif berupa kata-kata tertulis atau lisan dari orang-orang dan perilaku yang diamati. Pendekatan kualitatif penulis gunakan untuk menganalisa proses implementasi pembinaan perilaku santri yang dilakukan di Rumah Qur?an Al Muttaqien Jakarta Timur. Penganalisaan data ini lebih difokuskan pada Penelitian Studi Kasus, yakni dengan observasi, wawancara, dan kuesioner yang erat kaitannya dengan masalah yang dibahas. Hasil penelitian menjelaskan bahwa Rumah Qur?an Al Muttaqien tidak hanya sebagai tempat proses belajar dan menghafal Al Qur?an, namun kegiatan pembelajaran Pendidikan Agama Islam juga dilakukan, karena dua program ini sangat penting untuk dimiliki oleh setiap anak sejak dini sebagai bekal hidupnya.