Menurut Majelis Syuro Upaya Kesehatan Islam Indonesia (MUKISI) tahun 2017, banyak Rumah Sakit Islam yang mulai berdiri tetapi belum terakreditasi syariah, sedangkan kesadaran masyarakat akan pemenuhan kebutuhan di bidang kesehatan yang sesuai dengan tuntunan syariah semakin meningkat khususnya mengenai pelayanan obat. Tujuan umum dalam penelitian ini yaitu untuk mengetahui sistem pelayanan obat berbasis syariah di Rumah Sakit Nur Hidayah Bantul Yogyakarta Tahun 2019. Dalam penelitian ini, metodologi yang digunakan adalah pendekatan deskriptif kualitatif dengan teknik purposive sampling melalui wawancara mendalam, observasi dan telaah dokumen. Informan yang terlibat yaitu Komite Syariah, Kepala Instalasi Farmasi, Apoteker dan Tenaga Teknis Kefarmasian (TTK) dan pasien/keluarga pasien rawat jalan dan rawat inapdi Rumah Sakit Nur Hidayah Bantul Yogyakarta pada bulan Juli-Agustus 2019. Hasil penelitian menunjukkan bahwa untuk input ada yang secara umum yaitu Sumber Daya Manusia (SDM), sarana dan peralatan, pembiayaan serta sesuai Standar Syariah Pelayanan Obat (SSPO) MUKISI yaitu Standar Prosedur Operasional (SPO) syariah pelayanan obat, dokumen formularium obat berbasis syariah, MSDS, rapat koordinasi KFT dan Komite Syariah, Informed Consent Syariah, dalam penggunaan obat dan resep/copy resep, etiket/label obat dan plastik pembungkusobatsedangkan untuk proses, pelaksanaannya tidak disertai penyampaian pesan-pesan agama. Kesimpulan dari hasil penelitian ini yaitu sistem pelayanan obat berbasis syariah di Rumah Sakit Nur Hidayah masih banyak yang belum sesuai dengan SSPO MUKISI. Saran dari penelitian ini yaitu lebih mengutamakan produsen-produsen obat yang telah memiliki setifikat halal, Komite Syariah perlu mempelajari lebih dalam mengenai kandungan obat-obat yang halal, serta selalu mengingatkan pentingnya penerapan proses sesuai SPO syariah pelayanan obat.