Puskesmas berfungsi memberikan pelayanan kesehatan meliputi upaya kuratif, promotif dan preventif yang berkualitas. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui perbedaan persepsi pasien terhadap kualitas pelayanan rawat jalan pada Puskesmas Karang Kitri dan Puskesmas Perumnas II. Penelitian ini merupakan penelitian kuantitatif dengan pendekatan cross sectional. Jumlah sampel 132 responden pada Puskesmas Karang Kitri dan 106 responden pada Puskesmas Perumnas II, dengan teknik propotional random sampling. Hasil penelitian menunjukkan terdapat perbedaan bermakna antara persepsi pasien di kedua Puskesmas, yaitu pada kualitas keandalan Pvalue CI: 2,675-3,491, daya tangkap CI : 0,326-1,140, jaminan CI: 0,928-1,502 dan empati CI :0,303-0,976 dengan Pvalue 0,000. Nilai rata-rata persepsi pasien terhadap kualitas pelayanan kesehatan di puskesmas Karang Kitri pada bukti langsung adalah 24,26, keandalan 19,01, daya tangkap 20,20, jaminan 16,55, empati 19,47 dan puskesmas Perumnas II pada bukti langsung adalah24,23, keandalan 15,92, daya tangkap 19,47, jaminan 15,33, empati 8,83 empati. Saran untuk pihak Puskesmas Karang Kitri dan Puskesmas Perumnas II agar lebih meningkatkan pelayanan yang diberikan kepada pasien, terutama dalam hal berkomunikasi dengan pasien sehingga pasien dapat merasakan pelayanan yang sesuai dengan kebutuhan dan keinginannya pada saat berobat.