Salah satu masalah kesehatan gigi dan mulut anak sekolah dasar yaitu penyakit karies gigi. Anak usia sekolah khususnya anak sekolah dasar adalah satu kelompok yang rentan terhadap penyakit gigi dan mulut karena umumnya pada usia sekolah anak-anak tersebut masih mempunyai perilaku atau kebiasaan diri yang kurang menunjang terhadap kesehatan gigi. Tujuan penelitian ini untuk melihat perbandingan faktor-faktor penyebab tidak langsung dengan karies gigi pada siswasiswa kelas II,IV, dan V di SD Negeri 06 dan SD Muhammadiyah 5. Penelitian ini menggunakan desain cross sectional dengan pengambilan sampel yang digunakan yaitu stratified random sampling. Waktu penelitian dilaksankan di SD Negeri 06 pada tanggal 12, 14 dan 16 Mei 2014, sedangkan SD Muhammadiyah 5 dilakukan pada tanggal 13 Mei 2014. Jumlah populasi dalam penelitian ini sebanyak 415 siswa dan mengambil jumlah sampel sebanyak 200 responden/siswa. Analisis yang digunakan pada penelitian ini adalah analisis univariat, analisis bivariat dengan menggunakan uji Chi Square dan uji Independent Sampel T-Test, dan analisis multivariate dengan menggunakan uji Regresi Logistic. Hasil penelitian ini diperoleh siswa yang menderita karies gigi terdapat (61%). Proporsi siswa SD Negeri 06 menderita karies yang sebanyak 76 siswa (71%) dari 107siswa, sedangkan siswa SD Muhammadiyah 5 yang menderita karies gigi sebanyak 47 siswa (50.5%) dari 93 siswa. Berdasarkan hasil uji hubungan di SD Negeri 06 menunjukan bahwa adanya hubungan bermakna dengan kejadian karies gigi yaitu frekuensi menyikat gigi (p value 0.009), cara menyikat gigi (p value 0.029)dan prilaku kesehatan orang tua (p value 0.000), sedangkan hasil penelitian SD Muhammadiyah 5 menunjukan bahwa adanya hubungan bermakna dengan kejadian karies gigi yaitu umur siswa (p value 0.011), waktu menyikat gigi (p value 0.018), cara menyikat gigi (p value 0.002) dan prilaku kesehatan gigi orang tua (p value 0.049). Berdasarkan hasil uji multivariate didaptkan variabel paling dominan berhubungan dengan kejadian karies gigi di SD Negeri 06 adalah prilaku kesehatan gigi orang tua (p value: 0.004, OR: 8.440), sedangkan variabel paling dominan berhubungan dengan kejadian karies gigi di SD Muhammadiyah 5 adalah cara menyikat gigi siswa (p value: 0.013, OR: 4.348). Hal tersebut dapar disarankan oleh kepada pihak sekolah dan petugas kesehatan diharapkan dapat meningkatkan program UKGS dalam upaya poromosi dan upaya preventive , mendidik siswa-siswi dalam prilaku kebersihan gigi dan memberikan pendidikan yang berkaitan dengan kebersihan dan kesehatan gigi.