Penelitian ini bertujuan untuk menelaah dan menganalisis pengaruh metode pembelajaran dan gaya belajar terhadap prestasi belajar biologi siswa. Hipotesis yang diajukan adalah : (1) Prestasi belajar biologi siswa yang diajar dengan menggunakan metode pembelajaran inkuiri terbimbing lebih tinggi daripada siswa yang diajar dengan menggunakan metode pembelajaran inkuiri tidak terbimbing, (2) Prestasi belajar biologi siswa yang memiliki gaya belajar mandiri lebih tinggi daripada siswa yang memiliki gaya belajar bergantung, (3) Terdapat interaksi antara pengaruh metode pembelajaran inkuiri dan pengaruh gaya belajar siswa terhadap prestasi belajar biologi siswa. Penelitian dilakukan dengan metode eksperimen. Populasi target adalah seluruh siswa SMA Negeri 60 Jakarta pada tahun pelajaran 2010- 2011. Sampel diambil sebanyak 44 siswa. Hasil uji coba instrumen penelitian menunjukkan bahwa keterandalan instrument tes prestasi belajar biologi mempunyai r it = 0,865 dan gaya belajar siswa mempunyai r it = 0,688 Analisis data yang digunakan adalah analisis varians 2 jalur. Hasil penelitian menyimpulkan sebagai berikut: 1. Siswa yang diajar dengan menggunakan metode pembelajaran Inkuiri terbimbing memiliki prestasi belajar yang lebih tinggi daripada siswa yang diajar dengan metode pembelajaran Inkuiri tidak terbimbing. Dari hasil penelitian dengan menggunakan anava dua jalur diperoleh hasil bahwa harga F hitung lebih besar daripada harga F tabel yaitu 15,44 > 4,05 dan dari uji lanjut dengan uji Tukey diperoleh harga Q hitung lebih dari harga Q tabel yaitu 5,47 > 2,95 dimana rerata skor prestasi belajar biologi siswa yang diajar dengan metode pembelajaran Inkuiri Terbimbing lebih tinggi dari rerata skor siswa yang diajar dengan metode pembelajaran Inkuiri Tidak Terbimbing yaitu 29 > 25,68. 2. Siswa yang memiliki gaya belajar mandiri mempunyai prestasi belajar biologi yang lebih tinggi daripada siswa yang memiliki gaya belajar bergantung, Dari hasil penelitian diperoleh hasil bahwa harga F hitung lebih dari harga F tabel yaitu 14,93 > 4,05 dan dari uji lanjut dengan uji Tukey diperoleh harga Q hitung lebih dari harga Q tabel yaitu 5,47 > 2,95 dimana rerata skor prestasi belajar biologi siswa yang memiliki gaya belajar mandiri lebih tinggi daripada rerata skor prestasi belajar biologi siswa yang memiliki gaya belajar bergantung yaitu 29,09 > 25,59. 3. Terdapat interaksi antara pengaruh metode pembelajaran dan pengaruh gaya belajar terhadap prestasi belajar biologi siswa. Dari hasil penelitian diperoleh harga F hitung lebih besar dari harga F tabel yaitu 4,54 > 4,05. Hasil penelitian ini berguna untuk meningkatkan kualitas pembelajaran mata pelajaran biologi di Sekolah Menengah Atas.