Fermentasi merupakan tahap terpenting dalam proses pembuatan tempe. Menurut hasil penelitian pada tahap fermentasi terjadi penguraian karbohidrat, lemak, protein dan senyawa-senyawa lain dalam kedelai menjadi molekul-molekul yang lebih kecil sehingga mudah dimanfaatkan tubuh. Pada proses fermentasi kedelai menjadi tempe terjadi aktivitas enzim amilolitik, lipolitik dan proteolitik yang diproduksi oleh kapang Rhizopus Sp. Pada proses pembuatan tempe, sedikitnya terdapat empat genus Rhizopus yang dapat digunakan. Rhizopus oligosporus merupakan genus utama, kemudian Rhizopus oryzae merupaka genus lainnya yang digunakan pada pembuatan tempe di Indonesia. Produsen tempe di Indonesia tidak menggunakan inokulum berupa biakan murni kapang Rhizopus Sp. namun menggunakan inokulum biakan kapaang pada daun waru yang disebut usar. Pada penelitian ini dipelajari aktivitas enzim-enzim amilase, lipase, dan protase dari ketiga inokulum tersebut berbeda secara sangat bermakna. Hasil penelitian menunjukkan pula bahwa aktivitas enzim dipengaruhi oleh jenis inokulum dan waktu fermentasi. Juga terdapat interaksi antara waktu fermentasi dan jenis inokulum terhadap aktivitas enzim-enzim amiolitik, lipolitik dan proteolitik.