Penelitian ini lebih difokuskan pada manajemen sekolah dalam peningkatan mutu pendidikan dilihat dari perspektif Total Quality Management. Dalam tinjauan sistem, pendidikan adalah satu kesatuan antara input, proses dan output; ketiganya saling terkait dan tidak bisa dipisahkan. Semua unsur yang terlibat dalam proses pendidikan semaksimal mungkin dapat dimenej agar keduanya bersinergi. Melalui penelitian ini akan dielaborasi bagaimana pola mensinergikan antara unsur-unsur yang terlibat dalam pendidikan itu mampu memaksimalkan proses sehingga didapatkan output yang bagus. Penelitian ini penting dilaksanakan mengingat untuk mendapatkan data bagaimana pola masing-masing organisasi keagamaan (Muhammadiyah dan Al-Irsyad) serta kedua sekolah tersebut dalam memenej untuk meningkatkan mutu sekolah yang nota bene berada diluar lini sekolah negeri. Pada umumnya, persoalan klasik yang muncul bagi sekolah-sekolah swasta dalam usaha peningkatan mutu adalah persoalan minimnya pendanaan dan dukungan dari stakeholder. Berdasarkan paparan hasil penelitian, dapat disimpulkan; Pertama, pengelolaan sekolah di SMP Muhammadiyah 1 Purwokerto dan SMP Al-Irsyad Purwokerto yang berada dibawah Muhammadiyah dan Al-Irsyad al-Islamiyah telah berorientasi pada peningkatan mutu, Kedua, Pengelolaan kedua sekolah tersebut bila dilihat dalam perspektif Total Quality Management (TQM) maka dapat diketahui bahwa mereka telah memiliki: lima pilar TQM, yaitu: produk, proses, organisasi, pemimpin dan komotmen.