Penelitian bertujuan untuk mengidentifikasi miskonsepsi pada mahasiswa Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UHAMKA tentang materi fotosintesis dan respirasi. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret sampai April 2010 pada 77 mahasiswa Program Studi Pendidikan Biologi. Instrumen penelitian berupa tes objektif disertai dengan item-item pilihan jawaban dan tes esai yang disediakan tempat bagi mahasiswa untuk menyampaikan penjelasan atas jawaban yang diberikan. Tes tentang konsep fotosintesis dan respirasi yang diberikan sebanyak 23 butir soal mencakup definisi, tujuan, kapan dan dimana terjadi serta proses biokimianya. Data dikumpulkan melalui pengamatan kemudian data tersebut dianalisis secara deskriptif kualitatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa mahasiswa yang mempunyai miskonsepsi pada materi fotosintesis dan respirasi 70,13%, dengan rincian pada materi fotosintesis 67,53% dan pada materi respirasi 72,73%. Besarnya persentase miskonsepsi relatif sama untuk mahasiswa yang berasal dari semester yang berbeda. Identifikasi miskonsepsi ini diperlukan untuk mengembangkan strategi dalam mempersiapkan siswa dengan konsep yang akurat dan meningkatkan kualitas pendidikan dengan memperbaiki kualitas pembelajaran biologi.