Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh informasi hubungan antara motivasi kerja dan iklim kerja dengan prestasi kerja pegawai pada Sekretariat Direktorat Jenderal Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama Republik Indonesia, baik secara sendiri-sendiri maupun secara bersama-sama. Hipotesis penelitian ini adalah 1) terdapat hubungan positif antara motivasi kerja dengan prestasi kerja pegawai; 2) terdapat hubungan positif antara iklim kerja dengan prestasi kerja pegawai; 3) terdapat hubungan positif antara motivasi kerja dan iklim kerja dengan prestasi kerja pegawai. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode survei dengan teknik korelasional. Populasi penelitian adalah terjangkau 100 orang pegawai pada Sekretariat Direktorat Jenderal Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama Republik Indonesia. Metode pengambilan sampel dengan menggunakan teknik random sampling, ditetapkan sebanyak 50 orang pegawai sebagai responden. Uji validitas menggunakan product moment, uji reliabilitas menggunakan perhitungan alpha (α cronbach). Hasil perhitungan koefisien reliabilitas untuk variabel prestasi kerja pegawai 0.91; variabel motivasi kerja 0.90; dan variabel iklim kerja 0.92. Data untuk ketiga variabel diperoleh melalui angket. Hasil penefitian menyimpulkan sebagai berikut : Pertama, terdapat hubungan positif antara motivasi kerja (X1) dengan prestasi kerja pegawai {Y}. Hubungan antara keduanya ditunjukkan dengan persamaan regresi Ŷ = 35,31 + O,71X1 dengan koefisien korelasi ry1 = 0,71, pada taraf signihkansi α = 0.05. Besarnya konstribusi motivasi kerja tethadap prestasi kerja pegawai diketahui dengan koefisien determinasi yaitu dengan jalan mengkuadratkan r2y1 (0, 72 x 0, 72) = 0,4910 atau 49,10 %. Kedua, terdapat hubungan positif antara iklim kerja (X2) prestasi kerja pegawai (Y). Hubungan antara keduanya ditunjukkan dengan persamaan regresi Ŷ = 64,40 + 0,24X2 dengan koefisien korelasi ry2 = 0,25, pada taraf signtkansi α = 0.05. Besarnya konstribusi iklim kerja terhadap prestasi kerja pegawai diketahui dengan koefisien determinasi yaitu dengan jalan mengkuadratkan r2y2 (0,26; x 0,264) = 0.0523 atau 6,23 %. Ketiga, terdapat hubungan positif antara motivasi kerja (X1) dan iklim kerja (X2) secara bersama-sama dengan prestasi kerja pegawai (Y). Hubungan antara tersebut ditunjukkan dengan persamaan regresi Banda Ŷ = 43,61 + 0,64X1 + 0,15X2 dengan koefisien korelasi ry12 = 0,812, pada taraf signifikansi α = 0,05. Besarnya konstribusi motivasi kerja dan iklim kerja terhadap prestasi kerja pegawai diketahui dengan koefisien determinasi yaitu dengan jalan mengkuadratkan r2y12 (081 xo.81) = 0. 66 atau 66 %. Penelitian menyimpulkan bahwa prestasi kerja pegawai dapat ditingkatkan melalui usaha peningkatan motivasi kerja dan iklim kerja. Dengan hasil yang ditemukan dalam penelitian ini, diharapkan Kepala Sekretariat Direktorat Jenderal Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama Republik Indonesia dapat meningkatkan prestasi kerja pegawai guna lebih baiknya kinerja organisasi dimasa mendatang. Setidaknya mampu mempertahankan tingkat prestasi kerja, motivasi kerja dan iklim kerja yang sudah ada sekarang.