Berdasarkan profil Puskesmas tahun 2020 Puskesmas Kecamatan Makasar memiliki program kesehatan yang belum mencapai target yaitu tujuh program kesehatan. Program tersebut kurang berjalan efektif dikarenakan pandemi Covid-19, sebagian pegawai merasa khawatir terinfeksi covid-19. Selama pandemi ini motivasi diperlukan untuk menimbulkan dorongan kepada seseorang untuk bertindak agar mendapatkan hasil kinerja yang baik. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui hubungan motivasi kerja (internal dan eksternal) dengan kinerja pegawai di masa pandemi Covid-19 di Puskesmas Kecamatan Makasar Jakarta Timur Tahun 2021. Dalam penelitian ini metodologi yang digunakan analitik kuantitatif dengan pendekatan Cross Sectional. Sampel adalah total populasi yaitu seluruh pegawai kesehatan di Puskesmas Kecamatan Makasar sebanyak 91 orang. Hasil penelitian menunjukkan responden yang memiliki kinerja baik sebesar 53,8%, motivasi kerja internal kurang baik 51,6% dan motivasi kerja eksternal baik 51,6%. Hasil uji Chi Square menunjukkan adanya hubungan motivasi kerja internal dan motivasi eksternal dengan kinerja. Diharapkan setiap pegawai dapat meningkatkan kinerja dengan mengikuti seminar atau pelatihan untuk menambah keterampilan dalam pelayanan kesehatan. Pegawai dapat meningkatkan rasa senang dalam bekerja dengan beradaptasi pada seluruh lingkungan instansi.