Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis Pengaruh Non Performing Financing (NPF) dan Financing to Deposit Ratio (FDR) Terhadap Bagi Hasil Mudharabah di Indonesia, Data yang digunakan pada penelitian ini adalah data semester 1 2011 sampai semester II 2015 yang telah dipublikasikan oleh OJK (Otoritas Jasa Keuangan) melalui website www.ojk.go.id. Penelitian ini menggunakan metode analisis regresi linier berganda. Secara simultan variabel NPF dan FDR. secara bersama-sama mengalami pengaruh signifikan terhadap jumlah bagi Hasil Mudharabah BPRS di Indonesia. Nilai signifikan 0,000 lebih kecil dari tingkat Kepercayaan 5% sedangkan koefisien determinasi ditunjukkan oleh nilai Adjusted R2 Sebesar 0,309 hal ini berarti 30,9% Variasi Bagi Hasil Mudharabah dapat di jelaskan oleh variabel independen tersebut, sedangkan 68,9 dijelaskan oleh faktor lain yang tidak di jelaskan dalam penelitian ini.