Berdasarkan Laporan Riskesdas tahun 2010, prevalensi provinsi Nusa Tenggara Timur merupakan provinsi tertinggi yang memiliki angka stunting (58,4%), dan Daerah Istimewa Yogyakarta merupakan provinsi terendah dalam kejadian stunting (22,5%). Angka prevalensi nasional pada tahun 2010 yaitu 35,6%. Hal tersebut menunjukkan masih tingginya prevalensi kejadian stunting pada balita di Nusa Tenggara Timur. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui perbandingan antara faktorfaktor yang dominan mempengaruhi terjadinya stunting pada balita 12-59 bulan diprovinsi Nusa Tenggara Timur dan Derah Istimewa Yogyakarta analisis data Riskesdas 2010. Penelitian ini bersifat kuantitatif menggunakan desain penelitian cross sectional dengan jumlah sampel sebanyak 825 balita. Penelitian ini dilakukan dengan mengolah data Riskesdas 2010. Variabel yang digunakan anatara lain umur balita, jenis kelamin, berat badan lahir, konsumsi energi, konsumsi protein, pendidikan ibu, pekerjaan ibu,banyak anggota keluarga,dan status ekonomi yang telah dikumpulkan oleh tim Riskesdas tahun 2010. Pengolahan dan analisis data menggunakan uji univariat, bivariat, dan multivariat. Hasil analisis univariat menunjukkan bahwa balita yang stunting 78,3% lebih banyak dari pada balita yang tidak stunting 21.7% sedangkan pada balita usia 12-59 bulan didapat angka stunting di kedua provinsi tersebut yaitu stunting 78,3% dan tidak stunting 21,7%, kelompok umur balita paling banyak usia 12-36 bulan 50,4%, jenis kelamin laki-laki 61,2%, berat badan lahir normal 95,0%, konsumsi energi tidak cukup 91,0%, konsumsi protein 73%, pendidikan tinggi 49,0%, ibu yang bekerja 66,4%, jumlah anggota keluarga yang tergolong sebagai keluarga besar 61,8%, dan status ekonomi tinggi 82,5%. Hasil uji chi square menunjukkan ada hubungan bermakna antara jumlah anggota keluarga (0.001) dan status ekonomi(0.000) di provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta sedangkan pada provinsi Nusa Tenggara Timur tidak di temukan adanya variabel yang berhubungan antara variabel dependen dengan variabel independen (Pvalue<0.05). Hasil analisis multivariat diprovinsi Daerah Istimewa Yogyakarta menunjukkan variabel status ekonomi merupakan faktor dominan yang berhubungan dengan kejadian stunting, Peneliti menyarankan agar ibu balita lebih memfokuskan pengeluran untuk fasilitas pelayanan kesehatan dan memenuhi konsumsi makanan yang di butuhkan balita agar mengurangi angka kejadian stunting pada balita.