Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan mendapatkan data serta kesimpulan mengenai kesulitan belajar siswa dalam mempelajari pokok bahasan sistem saraf manusia. Populasi penelitian mencakup seluruh siswa kelas XI IPA di SMA Negeri 2 Tambun Selatan. Sampel penelitian diambil dua kelas, yaitu kelas XI IPA 7 dan kelas XI IPA 8 yang berjumlah 96 siswa. Teknik pengambilan sampel dilakukan dengan sistem cluster random sampling. Instrumen yang digunakan instrument nontes berupa angket pemahaman konsep yang terdiri dari 37 pernyataan dan angket faktor-faktor kesulitan belajar yang terdiri dari 20 pernyataan. Analisis data dilakukan dengan cara menghitung hasil skor siswa dalam menjawab instrumen tes serta menganalisis tingkat kesulitan belajar. Hasil penelitian menunjukkan kesulitan belajar siswa pada pokok bahasan system saraf manusia terlihat mekanisme yang terjadi pada materi sistem saraf manusia yaitu sebesar 80,9% siswa kesulitan pada mekanisme jalannya impuls saraf melintasi membran plasma, begitu juga pada mekanisme jalannya impuls saraf melintasi sinaps sebesar 70,7%, selain itu mekanisme yang terjadi pada system saraf somatik sebesar 73,9%, dan sebesar 81,6% siswa mengalami kesulitan pada mekanisme sistem sarf otonom. Dapat disimpulkan bahwa kesulitan belajar siswa pada materi sistem saraf manusia terletak pada mekanisme yang terjadi pada sistem saraf manusia.