Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kesulitan belajar siswa kelas XII IPA di SMA Negeri Kota Tangerang Selatan dalam mempelajari konsep metabolisme dengan menggunakan metode penelitian deskriptif. Sampel dalam penelitian ini digunakan teknik cluster sampling. Adapun sampelnya yaitu siswa kelas XII IPA di SMA Negeri 1 Kota Tangerang Selatan sebanyak tiga kelas. Pengambilan data dalam penelitian ini menggunakan tes pemahaman konsep pokok bahasan metabolisme berupa tes objektif, angket, dan wawancara. Data yang didapat dianalisis dengan deskriptif dengan memaparkan persentase. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kompetensi dasar yang sulit dicapai oleh siswa dalam mempelajari metabolisme adalah, ?keterkaitan antara proses metabolisme karbohidrat dengan metabolisme lemak dan protein? dan ?mendeskripsikan proses katabolisme dan anabolisme karbohidrat?. Siswa kesulitan untuk mengaplikasi pengetahuannya tentang metabolisme. Hal ini dikarenakan rendahnya pemahaman siswa tentang konsep-konsep metabolisme. Faktor-faktor yang berhubungan dengan kesulitan siswa dalam mempelajari konsep metabolisme dari faktor internal berasal dari aspek psikologis siswa yakni kurangnya perasaan senang (minat) dan rasa optimisme dalam mempelajari materi tersebut. Dari faktor eksternal hal yang memberi kontribusi terhadap kesulitan siswa dalam mempelajari topik metabolisme adalah kurangnya fasilitas belajar baik di rumah maupun di sekolah. Di samping itu ketersedian waktu belajar dan kemandirian siswa dalam mengatur waktu belajarnya di rumah maupun di sekolah yang masih kurang efektif, merupakan faktor yang lain.