Penyelenggaraan UN dari tahun ke tahun selalu menimbulkan pro dan kontra di kalangan masyarakat. Meski menuai banyak kritikan, UN memiliki juga sejumlah kelebihan sehingga pemerintah tetap melaksanakannya guna cara pengendalian mutu pendidikan (educational quality control) dan penjaminan mutu pendidikan (educational quality assurance). Selain itu, setiap tahun dilakukan evaluasi, pengembangan dan penyempurnaan terhadap pelaksanaannya. Tulisan ini hendak menyajikan gambaran tentang kualitas Madrasah Aliyah dilihat dari segi keberhasilan siswanya dalam mengikuti ujian Nasional 2009 menunjukkan antara lain bahwa secara umum kualitas Madrasah Aliyah sudah termasuk dalam Klasifikasi baik (B). Namun kualitas Madrasah Aliyah masih berada dibawah kualitas SMA, kecuali MA Program Bahasa yang kualitasnya sudah berada diatas kualitas SMA.